Ministr vojenství nové čs. vlády M. R. Štefánik přijel za legiemi na Sibiř v listopadu 1918. Chtěl přeměnit dobrovolnické jednotky v pravidelnou armádu, která bude podřízena výhradně čs. vládě již existujícího státu. Jeho ambiciózní plán narazil na nepochopení ze strany vojáků a Štefánik koncem ledna 1919 ze Sibiře odjel, aniž se s čs. oddíly rozloučil. Reforma přesto proběhla. Především byla zrušena Odbočka ČSNR na Rusi, kterou nahradily úřady podřízené přímo ministerstvu obrany. Vznikl reprezentativní orgán s názvem Zvláštní sbor pro Rusko, jenž podléhal Štefánikovi a vládě. K 1. únoru 1919 byl přejmenován Československý armádní sbor na Československé vojsko na Rusi v čele s generálem Janem Syrovým. Byly také zrušeny volené komitéty rot a praporů, které do té doby v jednotkách spolurozhodovaly.