Přeprava legií po transsibiřské magistrále nebyla jednoduchá ani kvůli záškodnickým útokům bolševiků, ale bohužel i protibolševických sil, které chtěly zabránit odjezdu legií ze země. Bolševické gerily často na trati kladly překážky v podobě zdemolovaných vagónů, případně zničených kolejí. V červnu 1919 takto vykolejily čs. vlak před stanicí Almazaj. Legie se ale celkem účinně bránily. Například ve spolupráci se sibiřskými jednotkami při útoku 12. června 1919 zlikvidovali vojáci 2. střeleckého pluku v Tajšetské oblasti hned několik základen včetně velitelství rudých partyzánů. Mezi Irkutskem a Vladivostokem zase na čs. transporty útočily oddíly protibolševických zabajkalských kozáků atamana Grigorije M. Semjonova. Proto 9. ledna 1920 legionáři podnikli proti kozákům útok, při němž zajali na 1500 záškodníků včetně jejich štábu.