Admirál Kolčak si svými hrubými projevy proti sobě poštval jediného věrného spojence, kterým byly čs. jednotky. Kdyby nepožádal spojenecké velení na Západě o ochranu, opustily by ho už dříve. Spojenci ale nařídili čs. jednotkám chránit nejen Kolčaka, ale i předsedu jeho vlády Pepeljajeva. Plněním tohoto rozkazu si legie popudily proti sobě ostatní politické síly, které jim začaly vyhrožovat sabotážemi na magistrále. Situace nakonec přiměla francouzského velitele spojeneckých jednotek v Rusku generála Janina, aby dal čs. jednotkám rozkaz Kolčaka i Pepeljajeva odvézt do Irkutska a tam je předat vyšetřovací komisi vlády Politického středu. Ta se zaručila, že bude postupovat podle mezinárodních zákonů. Předání se uskutečnilo 15. ledna 1920, ale o tři týdny později byli oba muži z obavy před možným osvobozením bez soudu zastřeleni.