Způsob Kolčakovy vlády postrádal systém. Svým zahraničním spojencům nedůvěřoval a jeho projevy nedůvěry ho právě o tyto spojence připravily. Podpora tak zůstala jen v oblasti materiální, ale tu si spojenci nechali dobře zaplatit zlatem z ruského státního pokladu. Odešel od něj i schopný legionářský generál Gajda, který byl znechucen poměry v jeho armádě. Ofenziva Rudé armády v roce 1919 zatlačovala Kolčaka přes Ufu a Omsk stále na východ. Admirál ustupoval po transsibiřské magistrále ovládané čs. jednotkami do Irkutska, kde chtěl znovu zřídit svůj hlavní stan. Než tam ale dorazil, tamní eseři provedli převrat, město ovládli a jmenovali novou místní vládu, která Kolčaka v nepřítomnosti sesadila a zbavila moci. On sám byl jako soukromá osoba 4. ledna 1920 vzat pod ochranu diplomatického sboru spojenců v Irkutsku.