Štefánikovy reformy z konce roku 1918 byly řadovými legionáři přijaty s nelibostí. Zrušením volených komitétů u rot a praporů přišli o možnost ovlivňovat dění v jednotkách. To považovali za své privilegium a projev toho, že armáda odpovídá demokratickým zásadám. U mnohých jednotek se k tradici volených komitétů a sjezdů nelegálně vrátili. Ovšem ani na nejvyšší úrovni se plány ministra obrany nerealizovaly. Ofenzivy na Urale i v Západní Sibiři se neuskutečnily a legie tam naopak předávaly pozice Kolčakovým jednotkám, aby se mohly stáhnout k transsibiřské magistrále. Odpor k reformám vyvrcholil 20. května 1919 v Tomsku na nelegálním 2. sjezdu vojska, kde muži žádali ukončení spojenectví s Kolčakem a co nejrychlejší návrat do vlasti. Generál Syrový sice nechal delegáty sjezdu zatknout, ale na některé jejich požadavky musel přistoupit.