Pro vyjednávání o vzniku samostatného Československa bylo nutné udržet legie ve válce v bojeschopném stavu a zastavit úpadek morálky mužstva. To vedlo k misi představitele ČSNR v Paříži generála Štefánika do Ruska. Odjel tam už v srpnu 1918 společně s náčelníkem Čs. generálního štábu při ČSNR generálem Janinem. Po dlouhé cestě přes USA dorazil k velení legií do Jekatěrinburgu až v prosinci 1918. Tehdy už jako ministr obrany samostatného Československa. Po inspekci legií dal souhlas s jejich stažením do týlu a následně z Ruska. Zastával názor, že morálka legií upadla i pro jejich nadměrnou demokratičnost. Ustavil Zvláštní sbor a Prozatímní odbor MNO a zároveň zrušil legionářský Sněm čs. revoluce v Rusku, plukovní zastupitelstva i rotní komitéty. V únoru 1919 se tak československé legie přetransformovaly na Čs. vojsko na Rusi.